承接第一季，林枫重塑肉身回归神界，却发现自己的神位已被复制体取代。复制体行善积德受万民爱戴，而真正的林枫却被视为妖魔。为了揭开天道漏洞，林枫潜入古籍禁地，得知上古神魔大战并非为了正义，而是为了掩盖“天道程序”的系统错误。要修复错误，必须由原主吞噬自己的复制体，但代价是抹除所有关于“林枫”的情感记忆。此时复制体发动神界大军讨伐本体，林枫在挚友和爱人的鲜血中觉醒，他不再选择修复天道，而是直接以凡人之躯挑战神的逻辑。最终他将复制体吸入体内，新旧记忆对冲，林枫成为了一个既不是神也不是人的全新存在。
第二季彻底跳出了传统修仙打怪升级的窠臼，引入了“程序漏洞”和“本体与复制体”的哲学思辨，格局宏大。打斗特效相比第一季有明显提升，尤其是概念设计极具未来感。唯一的缺点是为了铺垫第三季，文戏稍多。
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