稻森明日人、灰崎凌兵等一批新星入选日本国家代表队“闪电日本”，目标直指世界第一。但大赛背后，一个名为“猎户座之印”的神秘组织正用药物、黑哨和改造选手，试图将足球变成他们敛财和控制的工具。各国强队中，都有被猎户座植入“刻印”的傀儡选手，他们拥有超越人类极限的力量，却丧失了足球的快乐。闪电日本在比赛中不仅要与强敌对抗，还要唤醒那些被控制的选手，更要揭露猎户座的阴谋。队长圆堂守的信念“足球是朋友”成为最强大的武器。最终，在一场被完全操控的决赛中，闪电日本全员用最纯粹的足球，打破了猎户座的“剧本”，将足球还给了所有热爱它的人。
经典热血足球动画的续作，保持了系列一贯的夸张必杀技和中二台词，但在剧情深度上有所拓展，加入了“反操控”的主题。比赛依旧燃爆，少年们的成长更让人感动。
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